有机质谱仪，主要用于有机化合物的结构鉴定，提供化合物的分子量、元素组成以及官能团等结构信息。与核磁共振谱、红外光谱、紫外光谱一起被称为有机结构分析的“四大谱”。与其他“三大谱”相比，它提供了有机化合物最直观的特征信息，即分子量及官能团碎片结构信息。在某些情况下，这些信息足以确定一个有机化合物的结构。
有机质谱仪广泛应用于有机化学、生物学、地球化学、核工业、材料科学、环境科学、医学卫生、食品化学、石油化工等领域以及空间技术和公安工作等特种分析方面。

有机质谱仪基本工作原理：以电子轰击或其他的方式使被测物质离子化，形成各种质荷比（m/e）的离子，然后利用电磁学原理使离子按不同的质荷比分离并测量各种离子的强度，从而确定被测物质的分子量和结构。

有机质谱仪可以分为：
1、四极杆质谱仪；
2、离子阱质谱仪；
3、飞行时间质谱仪；
4、磁质谱仪；
5、傅立叶变换离子回旋共振质谱仪。